É
- (Haute-Saône) Éboulet
- (Saône-et-Loire) Étroyes
- (Saône-et-Loire) Écussols
- (Territoire de Belfort) Évette-Salbert
- (Territoire de Belfort) Étueffont
- (Territoire de Belfort) Étueffont
- (Haute-Saône) Étroitefontaine
- (Cote d'Or) Époissotte
- (Cote d'Or) Émorots
- (Haute-Saône) Éguilley
- (Jura) Écrille
- (Cote d'Or) Écorsain
- (Jura) Éclans-Nenon
- (Cote d'Or) Échirey
- (Haute-Saône) Échevanne
- (Haute-Saône) Échenans-sous-Mont-Vaudois
- (Cote d'Or) Éguilly
E
- (Doubs) Es Combe Benoit
- (Doubs) Entre Les Fourgs
- (Saône-et-Loire) En Mirande
- (Saône-et-Loire) En Plaine
- (Territoire de Belfort) Eschêne
- (Cote d'Or) Ennevent
- (Cote d'Or) Effours
- (Nièvre) Enfert
- (Nièvre) Eugne
- (Yonne) Essert
- (Jura) Essavilly
- (Jura) Esserval-Combe
- (Territoire de Belfort) Eschêne-Autrage