S
- (Kabupaten Nunukan) Simentalas
- (Kabupaten Nunukan) Simangaris
- (Kabupaten Nunukan) Siawang
- (Kabupaten Malinau) Siakkemuat
- (Kabupaten Malinau) Setarap
- (Kabupaten Nunukan) Sesibu
- (Kabupaten Nunukan) Serapun
- (Kabupaten Nunukan) Sepiul
- (Kabupaten Malinau) Sentaban
- (Kabupaten Malinau) Sengayan
- (Kabupaten Tana Tidung) Supil
- (Kabupaten Malinau) Semamu
- (Kabupaten Nunukan) Sekikilan
- (Kabupaten Nunukan) Sedalon
- (Kabupaten Nunukan) Sebuluan
- (Kabupaten Tana Tidung) Sebawang
- (Kabupaten Malinau) Sawah
- (Kabupaten Bulungan) Salimau
- (Kabupaten Nunukan) Salang
- (Kabupaten Malinau) Saan
- (Kabupaten Nunukan) Saalan
- (Kabupaten Malinau) Sabalanung
- (Kabupaten Malinau) Selidung