F
- (Kota Ternate) Fitako
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fokapata
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fajaopon
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fatkoujo
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fegudu
- (Kota Tidore Kepulauan) Fanaha
- (Kota Tidore Kepulauan) Fasegau
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fatiba
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fat Kauyon
- (East Halmahera Regency) Fayaul
- (Kota Ternate) Foramadiahi
- (Kabupaten Halmahera Utara) Fitako
- (Kota Ternate) Fitu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Fluk
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fokalik
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Foya
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Foyatobaru
- (East Halmahera Regency) Fuao
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Fukuweu