J
- (Kabupaten Pulau Morotai) Jiko
- (Kota Tidore Kepulauan) Jai
- (Kabupaten Halmahera Barat) Jalangasu
- (Kabupaten Halmahera Barat) Jangailulu
- (Kabupaten Halmahera Barat) Jano
- (Kabupaten Halmahera Utara) Jati
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Jebubu
- (Kabupaten Pulau Morotai) Jebubu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Jere
- (Kota Tidore Kepulauan) Jiko
- (East Halmahera Regency) Jara-jara
- (Kabupaten Halmahera Utara) Jikolamo
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Jojame
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Joronga
- (Kota Tidore Kepulauan) Juju
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Jurjoga
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Jurung
- (Kabupaten Pulau Morotai) Juwana-rubaruba
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Jaba