L
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Langkuba
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Liku
- (Kabupaten Halmahera Utara) Likata
- (Kota Tidore Kepulauan) Lifofa
- (Kabupaten Pulau Morotai) Libano
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Liaro
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lenggudi
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lemolemo
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lelubi
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Lelilef
- (Kabupaten Halmahera Utara) Leleseng
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lele
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Lekitobi
- (Kabupaten Halmahera Utara) Lapi
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lilai
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Laluin
- (Kabupaten Halmahera Utara) Lalonga Lamo
- (Kabupaten Halmahera Utara) Lalonga-ici
- (East Halmahera Regency) Laipo
- (Kota Tidore Kepulauan) Laitan
- (Kota Tidore Kepulauan) Lade-ake
- (East Halmahera Regency) Labilabi
- (Kabupaten Halmahera Barat) Laba
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Lantina
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Libung
- (Kabupaten Pulau Morotai) Laumadoro
- (Kota Ternate) Labua
- (East Halmahera Regency) Lolobata
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Loleo Mekar
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Lelewi