S
- (Kabupaten Jayapura) Sama
- (Kabupaten Jayapura) Soaib
- (Kabupaten Jayapura) Skoaim
- (Kabupaten Sarmi) Sarmi Selatan
- (Kabupaten Biak Numfor) Serumi
- (Kabupaten Biak Numfor) Sauadi
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Sangenafa
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Sanitah
- (Kabupaten Biak Numfor) Sarsundi
- (Kabupaten Biak Numfor) Sarwadori
- (Kabupaten Biak Numfor) Sarwon
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Sasora
- (Kabupaten Supiori) Saoelas
- (Kabupaten Kepulauan Yapen) Saukorrido
- (Kabupaten Biak Numfor) Sauribu
- (Kabupaten Jayapura) Sauti
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Sawai
- (Kabupaten Sarmi) Sawar
- (Kabupaten Jayapura) Sawe
- (Kabupaten Supiori) Sawendidori
- (Kabupaten Sarmi) Sawetifin
- (Kabupaten Waropen) Sayati
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Seberia
- (Kabupaten Kepulauan Yapen) Sendei
- (Kabupaten Jayapura) Sengbo
- (Kabupaten Sarmi) Setani
- Sorong