Y
- (Kabupaten Jayapura) Yaona
- (Kabupaten Keerom) Yuwelalama
- (Kabupaten Keerom) Yuwelabaru
- (Kabupaten Jayapura) Yulianadora
- (Kabupaten Supiori) Yamnaisu
- (Kabupaten Keerom) Yafi
- (Kabupaten Keerom) Yamas
- (Kabupaten Jayapura) Yangkena
- (Kabupaten Jayapura) Yansip
- (Kabupaten Biak Numfor) Yenbeba
- (Kabupaten Jayapura) Yapsi
- (Kabupaten Keerom) Yetti
- (Kabupaten Jayapura) Yoan
- (Kabupaten Keerom) Yote
- (Kabupaten Biak Numfor) Yapen Island
- (Kabupaten Supiori) Yenggarbun
- (Kabupaten Kepulauan Yapen) Yobi
- (Kabupaten Mamberamo Raya) Yobi