S
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Selerong
- (Kota Bontang) Sekangat
- (Kabupaten Berau) Seguntur
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sedulang
- (Kabupaten Kutai Timur) Sedendam
- (Kabupaten Paser) Sebakung
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Santan Tengah
- (Kabupaten Kutai Timur) Sangkimah
- (Kabupaten Paser) Sangbewai
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sangasangamuara
- (Kabupaten Paser) Semuntai
- (Kabupaten Paser) Samu
- (Kabupaten Kutai Barat) Sambut
- (Kabupaten Berau) Sambaliung
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Salobulu
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Saloapi
- (Kabupaten Kutai Timur) Salimunjang
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Saliki
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sabantulung
- (Kota Balikpapan) Stalkuda
- (Kabupaten Kutai Timur) Semberang
- (Kabupaten Kutai Timur) Senumpak
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman Lima Kaliorang
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman Empat Kaliorang
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman Tiga Kaliorang
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman Dua Kaliorang
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman Satu Kaliorang
- (Kabupaten Kutai Timur) Satuan Pemukiman IV Kaubun
- (Kabupaten Kutai Timur) Sualan
- (Kabupaten Kutai Timur) Sebongkok