E
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Effruan
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Eluksana
- (Kabupaten Buru) Epit Lahin
- (Kabupaten Buru Selatan) Enbotit
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Eli
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Erang
- (Kota Ambon) Eri
- (Kota Ambon) Ema
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Einusa
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Eli
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Elitian
- (Kabupaten Kepulauan Aru) Ebbertitun
- (Kabupaten Buru Selatan) Eglisu
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Elaar
- (Kabupaten Buru Selatan) Elara
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Eliase
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Elo
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Ena Ena
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Erai
- (Kabupaten Kepulauan Aru) Erersin
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Ewu
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Eso