S
- (Kota Ambon) Seri
- (Kabupaten Buru) Sispotih
- (Kabupaten Buru) Seit
- (Kabupaten Maluku Tengah) Sila
- (Kabupaten Maluku Tengah) Sirisari-Islam
- (Kabupaten Maluku Tengah) Sirisari Serani
- (Kota Ambon) Silale
- (Kota Ambon) Siwang
- (Kota Ambon) Sahuru
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Sisi
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Samboru
- (Kabupaten Maluku Tengah) Sepa
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Sera
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Seriholu
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Serikambela
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Serwaru
- (Kabupaten Maluku Tengah) Seti
- (Kabupaten Kepulauan Aru) Sia
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Siota
- (Kabupaten Maluku Tengah) Seleman
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Siwahat
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Soahuweh
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Soai
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Sole
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Sofianin
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Sungi
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Supe
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Suru
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Sanaruamang
- (Kabupaten Maluku Tengah) Selamo