E
- (Kabupaten Siau Tagulandang Biaro) Ebung
- (Kabupaten Kepulauan Talaud) Ensem
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Entanamahamu
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Embuhanga
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Enggohe
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Enempahembang
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Engsahange
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Edirung
- (Kabupaten Siau Tagulandang Biaro) Eneraha
- (Kabupaten Minahasa) Eris
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Enematiang
- (Kabupaten Minahasa Utara) Ehe
- (Kabupaten Minahasa Utara) Ehe
- (Kota Bitung) Empang
- (Kabupaten Minahasa Tenggara) Esandom
- (Kabupaten Minahasa Selatan) Elusan
- (Kabupaten Kepulauan Sangihe) Enunawira