E
- (Kabupaten Merauke) Etipewe
- (Kabupaten Merauke) Emisobah
- (Kabupaten Merauke) Eblemien
- (Kabupaten Boven Digoel) Estana
- (Kabupaten Boven Digoel) Engkat
- (Kabupaten Merauke) Ende-Miraaf
- (Kabupaten Mappi) Endebu
- (Kabupaten Boven Digoel) Ena
- (Kabupaten Asmat) Erma
- (Kabupaten Asmat) Erma
- (Kabupaten Asmat) Epet
- (Kabupaten Boven Digoel) Eliwot
- (Kabupaten Merauke) Erambu
- (Kabupaten Boven Digoel) Ekoki
- (Kabupaten Merauke) Erangka