S
- (Kabupaten Mappi) Sepa
- (Kabupaten Merauke) Senegi
- (Kabupaten Merauke) Senayo
- (Kabupaten Merauke) Sarore
- (Kabupaten Merauke) Sarire
- (Kabupaten Merauke) Samda
- (Kabupaten Merauke) Samanitake
- (Kabupaten Merauke) Sakiramke
- (Kabupaten Merauke) Saiwa
- (Kabupaten Merauke) Saguee
- (Kabupaten Merauke) Sorewa
- (Kabupaten Merauke) Sota
- (Kabupaten Asmat) Samun
- (Kabupaten Boven Digoel) Sibo
- (Kabupaten Mappi) Sibi
- (Kabupaten Merauke) Salamepe
- (Kabupaten Mappi) Sifu
- (Kabupaten Boven Digoel) Sarbo
- (Kabupaten Boven Digoel) Soghokanggo
- (Kabupaten Boven Digoel) Susu
- (Kabupaten Boven Digoel) Sabkaheng
- (Kabupaten Boven Digoel) Sikafio
- (Kabupaten Merauke) Salow
- (Kabupaten Merauke) Simsakai
- (Kabupaten Merauke) Selil
- (Kabupaten Boven Digoel) Sungai Miri
- (Kabupaten Merauke) Sampai
- (Kabupaten Merauke) Songge
- (Kabupaten Merauke) Suam
- (Kabupaten Merauke) Solaka