S
- (Okres Strakonice) Sudoměř
- (Okres Strakonice) Sudkovice
- (Okres České Budějovice) Suché Vrbné
- (Okres Jindřichův Hradec) Suchdol
- (Okres Český Krumlov) Suchdol
- (Okres Český Krumlov) Stupná
- (Okres Jindřichův Hradec) Stupka
- (Okres Jindřichův Hradec) Studnice
- (Okres Český Krumlov) Studné
- (Okres Prachatice) Studenec
- (Okres Český Krumlov) Studánky
- (Okres Tábor) Stružinec
- (Okres Strakonice) Strpí
- (Okres Písek) Strouhy
- (Okres Český Krumlov) Strouhy
- (Okres Tábor) Strkov
- (Okres Strakonice) Střížovice
- (Okres Písek) Střítež
- (Okres Strakonice) Střítež
- (Okres Strakonice) Střídka
- (Okres Tábor) Stříbrné Hutě
- (Okres České Budějovice) Střeziměřice
- (Okres Český Krumlov) Střemily
- (Okres Strakonice) Střelskohoštická Lhota
- (Okres Strakonice) Střela
- (Okres Písek) Strážovice
- (Okres Písek) Strážka
- (Okres Písek) Stráž
- (Okres Strakonice) Straňovice
- (Okres České Budějovice) Straňany