S
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Semayang
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Solominum
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sesulu Bawah
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Solocandi
- (Kota Balikpapan) Sungaiwain
- (Kabupaten Kutai Barat) Suwakong
- (Kabupaten Kutai Timur) Susuk Dalam
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sungaitiram
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sungaisembilang
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sepatin
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sungaimariam
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sungaikelambu
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sotek
- (Kabupaten Berau) Sokan
- (Kabupaten Mahakam Hulu) Sirau
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sesumpu
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sesulu
- (Kota Balikpapan) Sepinggan
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sepinggang
- (Kabupaten Berau) Sepinang
- (Kabupaten Kutai Timur) Sepatong
- (Kabupaten Kutai Timur) Sepaso
- (Kabupaten Kutai Timur) Sepasu
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sepan
- (Kabupaten Penajam Paser Utara) Sepaku
- (Kabupaten Kutai Timur) Senyiur
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Senipah
- (Kabupaten Kutai Timur) Sempayau
- (Kabupaten Kutai Barat) Sembuan
- (Kabupaten Kutai Kartanegara) Sambera