D
- (Okres Prachatice) Dvorec
- (Okres České Budějovice) Dvorec
- (Okres Tábor) Dvorce
- (Okres Jindřichův Hradec) Dvorce
- (Okres Strakonice) Dunovice
- (Okres Strakonice) Důl
- (Okres Tábor) Dudov
- (Okres Prachatice) Dubská Lhota
- (Okres Prachatice) Dubovice
- (Okres Český Krumlov) Dubová
- (Okres Písek) Dubí Hora
- (Okres České Budějovice) Dubenec
- (Okres Tábor) Dub
- (Okres Písek) Držov
- (Okres Písek) Držkrajov
- (Okres Český Krumlov) Drochov
- (Okres Strakonice) Dražejov
- (Okres Tábor) Drahnětice
- (Okres Strakonice) Drahenický Málkov
- (Okres Písek) Draheničky
- (Okres České Budějovice) Doubravka
- (Okres České Budějovice) Doubrava
- (Okres Prachatice) Doubrava
- (Okres Tábor) Doubí
- (Okres Český Krumlov) Domoradice
- (Okres Jindřichův Hradec) Domašín
- (Okres Strakonice) Domanice
- (Okres Tábor) Domamyšl
- (Okres Český Krumlov) Dolní Vltavice
- (Okres České Budějovice) Dolní Stropnice