M
- (Okres Jindřichův Hradec) Maršov
- (Okres Český Krumlov) Markvartice
- (Okres Jindřichův Hradec) Markvarec
- (Okres Prachatice) Markov
- (Okres Jindřichův Hradec) Marketa
- (Okres Jindřichův Hradec) Maříž
- (Okres Strakonice) Marčovice
- (Okres Jindřichův Hradec) Manešovice
- (Okres Český Krumlov) Maňávka
- (Okres Český Krumlov) Maňava
- (Okres Jindřichův Hradec) Malý Ratmírov
- (Okres Jindřichův Hradec) Malý Pěčín
- (Okres Tábor) Malý Ježov
- (Okres Jindřichův Hradec) Malý Jeníkov
- (Okres Prachatice) Malý Bor
- (Okres Prachatice) Malovičky
- (Okres Český Krumlov) Malotin
- (Okres Prachatice) Malonín
- (Okres Jindřichův Hradec) Malíkov nad Nežárkou
- (Okres Písek) Maletice
- (Okres Tábor) Malešín
- (Okres České Budějovice) Malešice
- (Okres České Budějovice) Malé Chrášťany
- (Okres Písek) Malčice
- (Okres Český Krumlov) Malčice
- (Okres Strakonice) Malá Turná
- (Okres Jindřichův Hradec) Malá Rosička
- (Okres Tábor) Makov
- (Okres Strakonice) Makarov
- (Okres Prachatice) Mackova Lhota