M
- (Okres Tábor) Mokrá
- (Okres Český Krumlov) Mokrá
- (Okres Prachatice) Mojkov
- (Okres České Budějovice) Mohuřice
- (Okres Tábor) Modlíkov
- (Okres Jindřichův Hradec) Modletice
- (Okres Strakonice) Modlešovice
- (Okres Český Krumlov) Močerady
- (Okres Jindřichův Hradec) Mníšek
- (Okres Český Krumlov) Mnichovice
- (Okres Jindřichův Hradec) Mnich
- (Okres Jindřichův Hradec) Mnich
- (Okres Český Krumlov) Mlýnská
- (Okres Prachatice) Mlynářovice
- (Okres Písek) Mlčkov
- (Okres Písek) Mlaky
- (Okres Písek) Mlaky
- (Okres Jindřichův Hradec) Mláka
- (Okres Prachatice) Mlaka
- (Okres Písek) Mladotice
- (Okres Strakonice) Mladotice
- (Okres Český Krumlov) Mladoňov
- (Okres Český Krumlov) Mladoňov
- (Okres České Budějovice) Mladé
- (Okres Český Krumlov) Míšňany
- (Okres Jindřichův Hradec) Mirochov
- (Okres Prachatice) Miřetice
- (Okres Strakonice) Míreč
- (Okres Prachatice) Milov
- (Okres Český Krumlov) Milná