M
- (Okres Strakonice) Milíkovice
- (Okres České Budějovice) Milíkovice
- (Okres Prachatice) Miletínky
- (Okres Prachatice) Milešice
- (Okres Písek) Milenovice
- (Okres Strakonice) Milčice
- (Okres Strakonice) Milčice
- (Okres Český Krumlov) Mikulov
- (Okres Český Krumlov) Mikoly
- (Okres Český Krumlov) Michničky
- (Okres Český Krumlov) Michnice
- (Okres Prachatice) Michlova Huť
- (Okres Písek) Mezný
- (Okres Český Krumlov) Meziříčí
- (Okres Český Krumlov) Mezipotočí
- (Okres Tábor) Mezimostí nad Nežárkou
- (Okres České Budějovice) Meziluží
- (Okres České Budějovice) Mezilesí u Trhových Svin
- (Okres Strakonice) Metly
- (Okres Prachatice) Městská Lhotka
- (Okres Tábor) Měšice
- (Okres Písek) Medenice
- (Okres Jindřichův Hradec) Matná
- (Okres Jindřichův Hradec) Matějovec
- (Okres Jindřichův Hradec) Matějovec
- (Okres Tábor) Mašovice
- (Okres Prachatice) Maschko
- (Okres Prachatice) Masákova Lhota
- (Okres Český Krumlov) Martínkov
- (Okres Tábor) Maršov